Геннадий Филиппович Щербина в 1976 году окончил Балашовское высшее военное авиационное училище летчиков. В 1990 году окончил Военно-Морскую академию им. маршала Советского Союза А. А. Гречко, в 1994 г. была присуждена ученая степень кандидата военных наук.
В 2009 году окончил Санкт-Петербургский Государственный Архитектурно-строительный университет по специальности «Промышленное и гражданское строительство», а в 2012 году по специальности «Экономика и управление на предприятии строительства». В 2014 году присуждена ученая степень доктора экономических наук.
В 2003 году пришел работать в энергетическую компанию «Теплогарант» (в составе Группы «Эталон») на должность главного инженера, а в 2006 году занял пост генерального директора компании.
В 2007 году назначен генеральным директором ЗАО ССМО «ЛенСпецСМУ», в августе 2016 года Вице-президентом Группы «Эталон». Возглавлял Санкт-Петербургское Территориальное управление Группы. В декабре 2018 года решением Совета директоров назначен Генеральным директором Группы «Эталон».
В 2009 году награжден Почетной грамотой Министерства регионального развития РФ, в 2014 году Почетным знаком «Строительная слава» и орденом «За заслуги в строительстве», в 2015 году объявлена Благодарность Комитета по строительству Санкт-Петербурга. В 2019 году награжден медалью ордена «За заслуги перед Отечеством» II степени и высшей строительной наградой Санкт-Петербурга – почетным знаком «Строителю Санкт-Петербурга» I степени.
Является заведующим базовой кафедрой «Управление проектами в строительстве» СПбГАСУ. В 2018 году вошел в состав Попечительского совета Санкт-Петербургской академии Следственного комитета.