Василий Юрьевич Панкратов родился 2 августа 1963 года в Ленинграде, окончил Физический факультет Ленинградского государственного университета и Литературный институт имени Горького.
С 1994 года работает в музейной сфере. Начинал свою деятельность в Музее истории Санкт-Петербурга, где в 1997 году стал заместителем директора по экспозиционно-выставочной работе и развитию.
С 2005 по 2010 годы занимал пост заместителя председателя, а в 2013-15 годах – председателя Комитета по культуре Санкт-Петербурга. Имеет обширный опыт руководства и организации работы по сохранению историко-культурного наследия, обеспечению сохранности и использования музейных фондов, развитию международных связей в области культуры.
В 2011—2013 годах, и с 2015 года по настоящее время возглавляет музей-заповедник «Гатчина», который включает Гатчинский и Приоратский дворцы, а также 4 исторических парка общей площадью 550 га. Под руководством В. Ю. Панкратова в ансамбле, сильно пострадавшем во время Великой Отечественной войны, развернулись обширные реставрационные и экспозиционно-выставочные работы, была организована масштабная фестивальная деятельность: «Ночь музыки», «Ночь света», «Новогодняя кутерьма» стали брендами не только музея, но и всего региона.